Preriscalda il forno a 180°C (350°F). Rivesti uno stampo per muffin con 12 pirottini di carta. In una ciotola capiente, setaccia la farina integrale, la farina di mandorle, il cacao in polvere, il bicarbonato di sodio e il sale. Mescola gli ingredienti secchi. In un'altra ciotola, sbatti lo yogurt greco, lo zucchero di cocco, il latte, l'estratto di vaniglia e l'aceto bianco. Aggiungi gli ingredienti liquidi agli ingredienti secchi e mescola fino a ottenere un composto omogeneo, facendo attenzione a non mescolare troppo. Incorpora il caffè caldo e mescola delicatamente. Riempi ogni pirottino per circa 2/3 con l'impasto. Inforna per 20-25 minuti, o fino a quando uno stecchino inserito al centro ne esce pulito. Lascia raffreddare completamente i cupcakes prima di glassarli con la tua glassa preferita (e aggiungi gli zuccherini, se desideri).